生物数据标准化研究进展

随着生物测序技术的快速发展,积累了海量的生物数据。生物数据资源作为生物分析研究及应用的核心和源头,为保证数据的正确性、可用性和安全性,对生物数据资源进行标准化的管理非常重要和迫切。本文综述了目前国内外生物数据标准化研制进展,目前国内外对生物数据缺少一个总体的规划,生物数据语义存在大量的不兼容性,数据格式多种多样,在生物数据收集、处理、存储和共享等方面缺乏统一的标准。国内外生物数据标准化处于起步阶段,但各国生物专家都在努力进行标准研制工作。文章最后从生物数据术语、生物数据资源收集、处理和交换、存储、生物数据库建设和生物数据伦理规范等方面出发,对标准研制工作进行一一探讨,期望能为生物数据标准制定提供一定的参考和依据。     

冠突散囊菌转录因子stf1基因的克隆及其表达分析

利用RACE技术获得了冠突散囊菌stf1基因的全长DNA序列。该序列全长3 029bp,开放阅读框长度为2 664bp,从114–2 908bp,在253bp处含有一个131bp的内含子,预测编码887个氨基酸。同源分析结果表明该基因与Snd1/p100转录因子同源。应用相对定量SYBR Green I荧光定量PCR技术对stf1基因在不同发育时期的表达量的差异进行了检测。结果表明,这个基因在子囊孢子时期的表达量最高,在分生孢子时期的表达量最低,相比子囊孢子时期下降了1倍。为深入研究冠突散囊菌的产孢调控机制奠定了一定的基础。     

Euphol from Euphorbia tirucalli Negatively Modulates TGF-β Responsiveness via TGF-β Receptor Segregation inside Membrane Rafts

Transforming growth factor-β (TGF-β) responsiveness in cultured cells can be modulated by TGF-β partitioning between lipid raft/caveolae- and clathrin-mediated endocytosis pathways. Lipid rafts are plasma membrane microdomains with an important role in cell survival signaling, and cholesterol is necessary for the lipid rafts’ structure and function. Euphol is a euphane-type triterpene alcohol that is structurally similar to cholesterol and has a wide range of pharmacological properties, including anti-inflammatory and anti-cancer effects. In the present study, euphol suppressed TGF-β signaling by inducing TGF-β receptor movement into lipid-raft microdomains and degrading TGF-β receptors.     

多标记物法在心力衰竭风险评估中的应用

心力衰竭的发生发展涉及多条生理病理通路,选择不同通路中的多个生物标记物能够提高对心力衰竭风险评估的准确性。总结了心 力衰竭发生发展过程中与心肌损伤、内皮功能障碍、神经激素紊乱、炎症反应、氧化应激过程相关的生物标记物,基于多标记物评价方法 的数学模型及多标记物法在心力衰竭和药物心脏毒性风险评估中的应用。     

小鼠Sema4D慢病毒过表达载体的构建与鉴定

目的构建小鼠Sema4D慢病毒过表达载体。方法采用Gateway技术将体外合成小鼠全长Sema4D基因插入并重组到预先已经插入荧光标记基因片段IRES的质粒中,阳性菌落由Ampicillin筛选后,大量繁殖,获得大量转染后的质粒,经过测序鉴定后,经慢病毒包装,转染293T细胞,经由Neomycin筛选,获得高滴度的病毒液。结果测序结果显示Sema4D基因共有2 586 bp,重组慢病毒载体共有11 966bp,其中Sema4D插在CMV启动子和IRES标记序列之间,位置为2569-5144。测序结果表明小鼠Sema4D基因已经成功构建到过表达慢病毒载体中。结论小鼠Sema4D基因慢病毒过表达载体Lenti-CMV-sema4D-IRES-PGK-neo能够正确构建,该载体为研究小鼠Sema4D基因在特定细胞内过表达株的筛选奠定基础,为其作用机制的研究提供用力工具。     

谷胱甘肽-铬-烟酸螯合物的制备与表征

以烟酸(NA)、谷胱甘肽(GSH)和CrCl3·6H2O为原料,制备高纯度GSH-Cr3+-NA2螯合物,分析影响合成螯合物的主要因素,获得最佳合成工艺,并对获得的螯合物进行表征,确定其螯合比例。结果表明,在Cr3+/NA/GSH(mol/mol/mol)=1∶2∶4,pH 5.0、温度60℃下反应3h,制备出Cr3+/NA/GSH(mol/mol/mol)=1∶2∶1的GSH-Cr3+-NA2螯合物;红外分析显示,与GSH相比,螯合物的-NH2、-NH-特征吸收峰发生蓝移,-NHC=O中-C=O的特征吸收峰红移,-SH的伸缩振动峰消失,说明GSH上的-NH-、NHC=O中-C=O、-SH均参与相互作用;与NA相比,螯合物的-C=O的伸缩振动峰发生红移,-OH的特征吸收峰消失了,说明NA上的-C=O和-OH参与相互作用。原子力显微镜形貌分析结果指出,由两分子NA和一分子GSH链围绕一Cr3+形成GSH-Cr3+-NA2螯合物。     

生物体内甜菜碱脂的研究进展

甜菜碱脂是一类极性膜脂,自然界中发现的有3类,分布于不同类别的生物中,其中最广泛分布于藻类以及部分低等植物中,有着多种功能,最主要的作用是作为膜脂参与生物的生命活动,对光合作用、植物抗逆以及藻类生物燃料的开发具有重要意义。不同生物体中的甜菜碱脂类别、含量以及分布均有差异,对甜菜碱脂的结构、化学鉴定、细胞内定位、理化性质、生物合成及其分子生物学机理等多方面进行综述,并指出目前研究中仍需解决的问题、可以拓展的方向,以便于对甜菜碱脂进行更为深入地研究。     

不同 pH 值条件下蜘蛛丝收缩与延展性能的变化

研究不同p H值条件下,蜘蛛丝拉伸性能的变化。在酸性条件下,设置p H值梯度,比较经丝、纬丝的拉伸性能;使用同样方法,在碱性条件下,比较经丝、纬丝的拉伸性能。将实验数据应用统计学中的单因素方差分析方法分析。结果表明不同p H值对这两类蛛丝的拉伸性能的变化均有显著影响:在酸性条件下,随着p H值的升高,经丝和纬丝收缩度逐渐升高;在碱性条件下,随着p H值的升高,其收缩度逐渐降低。当p H值为7时,经丝和纬丝的收缩度最高,分别为经丝(27.00±0.60)%,纬丝(28.30±0.31)%。     

菲律宾蛤仔EST_SSR标记与生长性状的相关分析

研究利用20个微卫星标记对菲律宾蛤仔斑马蛤F2代家系107个个体进行遗传多样性分析,并对标记位点与生长相关性状进行分析。在20个微卫星位点共检测到41个等位基因,各位点等位基因数为2—3个,等位基因片段大小为109—430 bp,平均等位基因数为2.05个。平均有效等位基因数为1.71个,观测杂合度平均值为0.504,期望杂合度的平均值为0.431,平均多态信息含量为0.324。经卡方检验,3个位点SSR11,SSR164和SSR213的基因型分布显著偏离了孟德尔定律(P0.01)。运用SPSS 20.0对20个微卫星位点与菲律宾蛤仔斑马蛤家系生长性状的相关性(壳长、壳宽、壳高和体重)进行连锁显著性检验。结果表明,SSR9位点与壳高存在显著的相关关系(P0.05),SSR135和SSR164位点与壳宽呈显著相关(P0.05),SSR142位点与体重呈显著性相关(P0.05)。研究结果可为菲律宾蛤仔的分子标记辅助选育提供参考。